港版《國安法》下特首有權「指派」現任或前任法官負責國家安全案件，終審法院前首席大法官李國能發表聲明，表示由特首挑選法官處理國安案件會破壞司法獨立（detrimental to the independence of the Judiciary），促請即使採用安排，特首任命前至少應諮詢現任首席法官或司法人員推薦委員會。
李國能同時提及，根據《國安法》草案說明，中央政府在特殊情況下保留管轄權，但被告不會經香港司法程序處理。李國能說做法有損獨立司法權。
現時特首委任各級法院法官前，須經由終審法院首席法官、律政司司長、兩個律師會代表及獨立人士等組成的司法人員推薦委員會推薦法官人選（若是高級法官要再經立法會同意）。但根據官方新華社公布《國安法》草案說明，將由特首指派前任及現任法官負責國家安全案件。
特首沒專業經驗及能力選法官
李官在《明報》聲明中表示，「司法機構應獨立於行政機關，應由獨立的司法機構決定由處理國家安全案件的法官，不受行政機關任何干預」。
李國能續說，特首一方面沒有專業經驗及能力挑選負責國安的法官，另一方面，特首身兼維護國家安全委員會主席，認為特首不宜自行決定法官人選。
即使上述觀點不獲接納，李國能說，特首挑選法官時，必須基於終審法院首席法官、或司法人員推薦委員會的建議。「這會確保法官人選基於專業及獨立基礎。」李國能說。
李國能今次已是一個月內兩度發聲明回應國安法。他在文中首先提及，《國安法》草案的說明稿中值得注意是，《國安法》沿用香港的法律原則，及沒有提及追溯力。
至於中央政府在例外情況下保留對某些國家案件的管轄權，李國能對此表示嚴重關注。
大陸審訊 被告失司法保障
李國能說：「如果實施的話，這些案件會在大陸處理及審訊。被告不會享有我們司法程序的保障。儘管這管轄權只會最特殊情況下行使，這會損害法庭根據《基本法》授權行使的獨立司法權。」
律政司司長鄭若驊周一說，特首指定若干法官審理國家安全案件，是類似商事法庭設定一個名單由一些法官專責處理國家安全案件，聲稱不會影響法院的司法獨立。
不過，目前法院中，指定法官列入民事、刑事等名單，均是各級法院領導權責，特首或行政機關無權過問。
之前，全國人大常委譚耀宗說，《國安法》由特首指派法官是折衷的辦法，形容是平衡排拒外籍法官甚至大陸法官審理國家安全案件。
