教育局局長楊潤雄及特首林鄭月娥為香港並無三權分立說法背書，再次掀起陳年爭議。翻查資料，港府自主權移交以來回應三權分立有不同說法，例如2003年7月時任政務司司長曾蔭權訪美時說香港有類似美國行政立法完全分立，2005年政府回應立法會質詢時改稱香港無「硬性規定」，到梁振英年代點名否認香港是三權分立，而是行政主導。
在美國任教多年的港大法律學院包玉剛公法講座教授劉岱偉（David Law）接受眾新聞書面訪問時指出，林鄭月娥深深混淆及錯誤理解三權分立（separation of powers）的概念，因為三權分立是指橫向行政、立法及司法的關係，不同中央與地方的縱向分權關係。
劉岱偉表示，中央及地方政府之間權力分配，與傳統意義上行政、立法、司法的三權分立並不同，而制度設計上，特首不是立法會成員，法庭獨立於行政及立法，所以是三權分立。「換而言之，三權分立是一個橫向的關係，是同等機構但不同功能。北京與香港特區的關係是縱向，是一個統治更大地域政府與一個較細地域的政府之間的關係，這是地域問題而非功能。我們不會叫這做三權分立。」
他提醒，三權分立與制衡經常相提並論，但兩者意思不同，分立是指每個分支行使不同權力，而制衡則是互相限制權力。「例如三個分支分界清晰，則是完全的三權分立但無制衡。如果每個分支有權限制或約束其他分支，則有制衡及權力分立。」
在這情況下，美國與香港的制度同時包含三權分立及制衡。「例如，美國國會通過法律，但總統可以否決他。這是將一些制訂法律的權力交給行政當局。同時，美國總統可以委任高級行政官員，而這是行政權力，但必須先獲參議院（國會一部分）同意。這是刻意實際在制度上有制衡及權力分立，而非單純絕對的權力分立。」
自1989年已撰文分析的港大法律學院前教授戴大為（Michael Davis）也說，將三權分立說成三權分工說法並不合理，直指林鄭月娥說法只是「鸚鵡學舌」重申北京官員說法在北京面前爭取分數。
戴大為說：「當她說香港繼續有制衡時，基本上是自相矛盾。」
他表示，過去歐洲大陸中部分大陸法系（civil law）國家認為三權功能不同，但不互相制衡，但當大陸法系國家普遍引入過去沒有憲法法院後，已可監察行政及司法制度。
他質疑，北京明顯不信任香港執行職責，所以持續地質疑香港三權分立。「這種不信任在國安法下更加明顯，尤其容許特首指定法官，及人大常委會有權推翻解釋。這只是踐踏香港法治。」
三權分立之爭可追溯至《基本法》起草，當時一般聚焦行政立法關係。在1986年，基本法起草委員會政制專責小組曾達成共識，建議香港實行三權分立。民主黨創黨主席李柱銘1998年9月23日在立法會無約束力辯論行政立法關係時憶述，全體基本法起草委員會1987年在北京開會，他們之間已就香港政制達成三權分立共識，但翌日時任中共領導人鄧小平訓話說三權分立不可行便不再提及這名詞。
「當我們返回草委中，由那一刻起大家不敢再提『三權分立』一詞，而改為『行政立法互相制衡』。我們不能說『三權分立』，因為鄧小平同志此語既出，我們豈敢再如此提出。」李柱銘當時在立法會辯論說。
這無改《基本法》設計中行政權限制立法權的特點。李柱銘在1998年的辯論時當時形容，行政當局有七個「金剛罩」控制立法會：限制直選議席、立法會分組點票、限制議員提案權、特首不簽署立法會通過法案、解散立法會、特首選舉受中央控制、人大常委會將立法會通過及經特首簽署法律發回，然後便失效。
李柱銘當時說，不修改《基本法》，行政機關便不能夠向立法會負責，亦會繼續爭取特首及立法會雙普選。
港府自主權移交初期，對於三權分立的說法一直比較含糊。2003年時任政務司司長曾蔭權訪問美國出席紐約一個午餐會，被問及香港民主進程時曾經談到權力分立概念。
曾蔭權當時提及香港建基於英國殖民地時代的公共服務，而《基本法》已經引入新制度，「類似美國國會制，行政與立法之間有完全權力分立」（which is similar to the US congressional system with a complete separation of powers: powers between the executive and the legislature）。
同年，時任政制局局長林瑞麟在立法會回應0708雙普選動議時也提及，「我們已有三權分立，有透明、依法成立的制度」。
2005年，政府在立法會審議《聯合國制裁條例》下，特首有沒有權力繞過立法會訂立附屬法例以執行聯合國決議。當時，仍在港大任教的憲法權威佳日思（Yash Ghai）說三權分立是《基本法》基礎，認為剝奪立法會審議附屬法例權力應無效。
港府當時向立法會稱：「《基本法》沒有規定硬性三權分立，這與《基本法》的『延續性』主旨一致。在回歸前，不論英國或香港的制度，亦並非以三權硬性分立為基礎。引入這樣的硬性制度，會嚴重改變我們的政治和法律制度的多項既定特點，而我們見不到這是《基本法》的原意。」
不過，當時港府針對還是三權之間的權力劃分，有關論調自2007、2008年開始有變，儘管當時人大已通過決定否決雙普選時間表。
時任特首曾蔭權在2007年競選政綱中表示「行政主導、立法制衡」。民主派候選人梁家傑提出2012年雙普選外，並建議修改《基本法》，取消特首政黨背景限制，及立法會議員不能出任公職人員規定，主要官員無需中央任命，變相令香港走向類似西敏寺模式的立法主導，被親中報章及基本法委員會委員譚惠珠等批評。
2007年，時任人大委員長吳邦國重申香港不搞三權分立，而「中央授予香港特別行政區多少權，特別行政區就有多少權」。當時已當選的特首曾蔭權回應說主權是國家所有，在《基本法》起草時已經說清楚，不是什麼問題。
曾蔭權說：「中國是一個單一體制的國家，主權理所當然是國家擁有，香港特區所享有的高度自治是國家根據憲法和《基本法》賦予我們，這些是很清楚的，我們不需要再為這事討論。有關香港的操作，你看到現在特區政府辦事，所有政策都以民意為依歸，落實市民的要求是我優先處理的事項；立法會亦作出它監察的功能，而我們的司法機關對任何判案及裁決都是獨立行事，這些都是行之有效，香港人是看得到的；十年來都是一樣，將來亦是一樣。我相信香港人不會為這些事情擔心，這是我們既有的制度，行之有效，亦正如委員長所講，是我們基本法的一部分。」
一年後2008年，國家副主席習近平訪港提出三權合作論，認為三權應互相理解、互相支持。《信報》當時報道，習近平提出言論其中一個原因，是中央不滿香港回歸後，司法覆核數量數字太多，影響中央希望在香港落實行政主導的路線。
同年10月，時任律政司司長黃仁龍表示，香港法治及司法獨立原則不容動搖，根據《基本法》，司法機關擁有獨立審判權，不受任何干涉，他不認為習近平的言論會影響香港司法獨立。
2013年中聯辦時任宣傳文體部部長郝鐵川說，香港不存在三權分立，時任政制局局長譚志源書面回覆查詢時說，香港政制「基本上是以行政長官為首的行政主導制度」。
近年最猛烈質疑三權分立理論，當數2015年中聯辦主任張曉明提出「特首超然」論。時任特首梁振英附和說，「在我們高度自治的前提底下，特別行政區作為一個地方政府，是沒有一個完整的行政權和立法權。譬如我們時常說的《基本法》，它就是全國性法律由全國人大通過的一部法律。所以在這種情況底下，我們是否能夠硬套其他國家三權分立的概念呢？」
