劉曉波留院的瀋陽中國醫科大學附屬第一醫院，在劉曉波逝世後召開記者會，交代為期36天的治療過程。醫院腫瘤內科主任劉雲鵬承認，劉曉波曾向來自美國和德國的專家表示希望出國接受治療。院方遂在翌日安排劉曉波接受磁力共振檢查，判斷他的狀況可否移動，豈料發現肝癌破裂出血，情況非常危險，所以很難安排他進行長距離移動。
劉雲鵬複述當時情況，「外國專家問他（劉曉波），他說他想去外國治療。外國專家再跟我們一起判斷他的病情時，也認為他的病情非常危重，所以說盡快給他做一個檢查，判斷他是否能夠出去。他們是說：『如果他有這個希望，我們可以接受給他做這樣的治療。』就給我們建議說，盡快給他做判斷。」
院方翌日安排檢查後，發現病情嚴重加劇，「我們在磁力共振發現，（劉曉波的）肝臟背膜下已經出現肝癌破裂的出血，有一層膜擋着，所以沒把全部肝癌破裂出血流到腹腔，但只有一層背膜，病人已經開始出現腹水，而且腹水裏有紅細胞。」
劉雲鵬稱，劉曉波在磁力共振的短短20分鐘內，狀態已經非常不好，「就在20分鐘檢查中，他就病情變化很大，我們的搶救設備都搬到磁力共振機器旁邊，等待檢查結果。在這種情況下，當時專家組別共同判斷是，他是很難經歷比較長的移動，危險非常大。」當時已立刻向家屬交代劉曉波病情，指他隨時出現危險，搶救小隊都隨時待命。
劉雲鵬強調，劉曉波在外國醫生診症前，一直沒有表示不願接受瀋陽醫院治療，是直至會見德、美專家後，才提出到外國治療。他強調自己作為醫生，只管治療問題，非醫療問題他不清楚。
官方一直表示，劉曉波監禁期間，長期接受身體檢查和定時飲食，為何會突然患上肝癌末期？劉雲鵬指，劉曉波6月初在獄中表示腹部不適和發燒，獄方為他提供一星期治療後，再邀請醫院到監獄為劉曉波診病。
劉曉波經過診症後，發現有肝臟病變，之後到醫院接受更詳細檢查後，院方發現他患上了原發性肝癌。劉雲鵬指這種肝癌初期沒有明顯症狀，往往都是末期才會發現。他形容這種肝癌病變速度非常迅速，到醫院診治的第一個星期，就已經迅速增大，平常肝癌按月發展，但這種原發性肝癌就是按周發展。
劉雲鵬強調，從醫療角度來看，病人感到不適後一星期，就送到醫院並發現患上肝癌，然後迅速有治療方案，整個過程已十分快速。
有記者追問，劉曉波是否如傳聞住在醫院23樓。劉雲鵬承認，但稱從來沒有人向醫療團隊查詢，所以自己沒有隱瞞這件事。有記者指曾向同層護工查詢，對方回應沒有劉曉波這個病人，劉雲鵬就稱，不太清楚護工可否掌握全部病人的資料，又強調腫瘤科有大量病人出入。
劉曉波治病時序表：
6月6日：中國醫科大學附屬第一醫院應邀派出人員，到錦州監獄為劉曉波診治，發現有肝臟佔位性病變
6月7日：劉曉波被轉送到醫院，團隊初步診斷發現惡性腫瘤
6月8日：穿刺腫瘤抽取組織進行化驗
6月9日：診斷為原發性肝細胞癌，當時制定了治療計劃，亦邀請了來自於北京的肝膽外科專家，進行首次聯合會診，達成一致意見，發現癌細胞已全身轉移。
診斷判斷原發性肝癌為惡性程度最高的類型，病發早期難以發現，往往診斷時已屬於晚期，不適合進行手術。
6月中旬：醫院再次邀請來自北京和南京的專家進行第二次會診，決定採用肝癌標靶治療，讓劉曉波服用肝癌藥索拉菲尼
6月29日：醫院邀請中醫藥專家，進行第三次聯合會診，為劉曉波制定中醫治療方案
7月3日：劉曉波腹水增加，醫生為他進行腹腔穿刺，延流腹水
7月4日：腫瘤專家進行第四次聯合會診，調整方案
7月5日：院方邀請北京協和醫院肝膽外科的毛一雷教授，以及全國六位專家，進行第五期會診。結果一致認為肝癌已達到終末期，所有帶有侵入性治療，如視頻消融、放射治療都不適合。情況也不適合使用靶向治療，所以停用了標靶藥索拉菲尼，中藥都停止了。
7月8日：毛一雷陪同來自德國和美國的專家進行國際會診，對方對團隊給予了高度評價，認為診斷治療正確。劉曉波提出想到外國接受治療，外國專家表示可以接受，提出要進行磁力共振檢查，如果肝功能改善，可以重新開始索拉菲尼治療。
7月9日：院方為劉曉波進行磁力共振檢查，結果顯示肝臟病灶繼續增加，情況非常嚴重。只是20分鐘檢查，劉曉波狀態已非常不好，非常大機會出現肝臟破裂。
7月10日：劉曉波血壓下降，情況加劇，院方一致認為病情非常嚴重，不適合局部放射治療，加上非常容易發生肝破裂，不宜移動
7月11日：劉曉波腹腔壓力略有所好轉，但肝功能持續惡化，感染性休克，出現多器官衰竭
7月12日：劉曉波病情再加重，院方採取抗感染治療 ，但患者肝功能持續惡化、呼吸功能衰竭，向家屬表示要進行氣管插喉，並交代了好處和風險，家屬最終不同意插喉
7月13日：劉曉波經過多方救治無效，於傍晚5:35去世
