教育局副局長蔡若蓮的家人向來低調，鮮有陪同她在公眾場合亮相。據知蔡若蓮與丈夫潘熙恩育有兩子，分別為25及23歲，親子關係良好。蔡若蓮去年參選教育界立法會選舉期間，兩個兒子曾出席其分享會，為母親打氣。她曾在報章專欄慨嘆工作忙碌，對家人有所虧欠，「 在心裏說謝謝，退休後還」。惟今日長子潘匡仁墜樓亡，蔡若蓮白頭人送黑頭人。
相關新聞：教育局副局長蔡若蓮長子墮樓亡
蔡若蓮今年7月接受九龍地區週報《龍週》專訪時透露，她重視與兒子相處質素，會建立彼此互動時間。「我回到家裏會專注地與他們相處，不會一邊與他們聊天，一邊煮飯或者做自己的事。當我們一起逛街時，就算我要給自己買衣服，我也會讓他們參與給意見，從而建立親子互動。」她又指，會將自己的書桌和孩子的書桌放在一起，母子各自工作，休息時就一起休息，彼此鼓勵。
此外，她每年暑假會抽一個星期與兒子去旅行，一般會選較艱辛的旅程。她憶述，長子讀小四時，一家人去雲南女兒國，「要坐十多小時車程穿過深山才到達目的地，住的地方也比較簡陋」。蔡若蓮指，旅途中免不了有矛盾，她作為家長，會藉此教導孩子。
蔡若蓮在訪問中提到，她會尊重孩子為獨立個體，自兒子年幼時起，已將他們視作朋友看待，不會要求孩子將來回報父母。她寄語現代女性要做一個「平衡的人」，「我們為孩子付出是應該的，但並不是說當母親後就沒有自己的人生。我們的人生亦需要不斷成長，這個對教養孩子也很重要，因此我經常鼓勵女同事，不要因為照顧孩子而完全放棄事業。」
她在2015年出版的著作《與夢想同行 一位校長的教育實踐》亦有提及，與兒子的相處是「有樂同享，有禍同當」。書中記述，兒子三歲時，一次被父親責罵， 跑到大門欲離家出走，蔡若蓮當時沒有阻止，給他穿上外套及一個兩元硬幣，對他說：「不要走太遠，累了就回家。」結果兒子沒有離家，哭了一場。她寫道：「責備、管教、都是因為愛。」
蔡若蓮就任教育局副局長後曾對傳媒表示，她對本地教育有信心，兩名兒子都入讀本地學校，長子曾經歷高級程度會考，而幼子亦是新學制的考生。她2015年成立「香港教師夢想基金」時，亦曾以基金會主席身份分享養育孩子的經驗。她當時指，不明白為何幼稚園就要讀名校，她曾安排長子讀名校、幼子讀不知名幼稚園，長子曾經每日上學前都會哭，更「抱緊鐵閘不放手」，她其後發現長子的班主任在他入課室之前，已「張大雙眼盯著他」，示意他不要哭，令長子害怕上學。她於是安排長子轉到幼子的幼稚園，從此兩兄弟開心學習。長子潘匡仁中學於喇沙書院就讀，曾到海外升學，回港後曾於北區醫院任職物理治療師。
去年3月，蔡若蓮曾在《晴報》專欄記一場慈善長跑比賽，她原本計劃與長子一同出戰10公里賽事，母子倆一同出門，約定在終點相見，賽後一起離開。不過，她考慮到身體狀況欠佳，事前又練習不足，臨場決定改跑3公里賽事，沒有帶手機的兒子不知道她的決定，兩個賽事終點不同，母子倆沒在終點遇上。兒子按照約定在10公里賽事終點等，白等了大半個小時，蔡若蓮感到「很遺憾」，「 失望良久」，但後來想通了，「如果為了母子同途，勉強跑十公里，後果可能更遺憾。這小小的遺憾，讓我更深刻體會母子之情。」
蔡若蓮與兒子一直關係良好，去年9月她參選立法會期間，兩子曾出席其分享會表達支持，蔡若蓮表示這令她「更有勇氣繼續前進」。
蔡若蓮又曾在專欄寫自己工作繁忙，「日程總是排得滿滿」，結果有一次忙出病來。她某日配了中藥回家，才發現家中沒有瓦煲，遂改用不鏽鋼煲代替，怎料很快就煲乾水，藥渣都焦了。她形容，當時「躡手躡腳倒藥渣、清洗藥煲，不想弄醒已熟睡的家人」，又想到自己忙於工作，家人的理解和包容是最大後盾，「令這個港媽校長可以義無反顧地在外面打拼」。她在文末提到：「人生何求，趁經驗及心態都相對成熟的階段多做點事，生而無憾。對家人的虧欠，在心裏說謝謝，退休後還。」可惜如今白頭人送黑頭人。
