土地註冊處的主要工作除了進行土地註冊、辦理業主立案法團註冊和備存業主立案法團登記冊，還需為大眾提供穩妥方便的土地註冊和資訊服務。民間團體也能透過土地登記冊，了解土地資源分配情況。不過，最新的審計報告揭露，土地註冊處在管理資料、控制成本效益、釐定收費等多方面均有問題。報告顯示，土地登記冊每年發現錯誤高達5,737至7,564項；3間新界查冊中心使用量低，每年均錄得營運虧損，最嚴重的荃灣查冊中心，在2015-16年度錄得203.1萬元虧損；土地註冊處的查冊服務約9成經網上進行，僅有1成是透過櫃位，而櫃位服務的成本高於網上服務，但處方收取劃一費用，審計署建議按提供服務的方式彈性收費。
有議員及民間研究組織成員認為，政府宜推動電子服務，並盡量以低價開放資料，他們促政府檢視現行開放資料及收費模式，避免收費窒礙有公眾利益的調查研究。
土地登記冊資料錯漏百出
土地註冊處指，處方透過查核機制、日常運作及外界要求修訂土地登記冊上的登記資料時，不時會在土地文件發現手民之誤或資料不一致的情況，主要源於人手備存文件電腦化時產生的錯誤，其次是註冊文件過程中產生的錯誤，以及律師交契時填寫註冊摘要產生的錯誤 。土地註冊處表示，錯誤大多性質輕微，例如將「Agreement for Sale and Purchase」錯誤輸入為「Agreement for Sale and Purchaser」、「XX Bank, Limited」錯誤輸入為「XX Bank Limited」、「Ltd.」錯誤輸入為「Ltd」。土地註冊處人員發現錯誤後，經較高層人員覆查和批核，便會更正有關錯誤。審計報告指，在 2012–13至 2016–17年度期間，土地註冊處每年更正的土地登記冊錯誤總數介乎5,737至7,564項不等，註冊錯誤及註冊摘要的錯誤，則在過去5年間持續減少。
審計報告指，為利便進行土地和物業交易，土地登記冊必須載錄準確的註冊資料。審計署認為，土地註冊處宜就錯誤進行更詳細分析，如就錯誤的嚴重程度及可能成因作分析，會比處方只是對錯誤性質作分析，提供更完備的管理資料。審計署建議，土地註冊處不時檢討已更正的錯誤，並在有需要時，對錯誤進行更詳細分析，以監察和採取措施，提升土地登記冊的準確度。
新界查冊中心連年蝕百萬
土地註冊處辦事處現有4間辦事處，分別是金鐘道政府合署辦事處、荃灣查冊中心、大埔查冊中心及元朗查冊中心，提供櫃位查冊、副本及業主立案法團服務。審計報告指，3間新界查冊中心在過去5年，每年均錄得營運虧損，介乎90萬元至200萬元不等，其中最嚴重的是荃灣查冊中心在2015-16年度錄得203.1萬元虧損。
3間新界查冊中心的使用量亦相當低，過去5年，荃灣及大埔查冊中心使用查冊和副本服務的訪客人數平均每天不足55人，而元朗查冊中心則不足 100人，這3間查冊中心上年度平均每天訪客人數分別為 35人、40人和76人。在各中心使用業主立案法團服務的訪客人數，過去5年平均每天甚至不多於5人，當中以元朗查冊中心的訪客量最低，平均每天錄得僅2至3人。
審計署報告提到，因3間新界查冊中心服務需求低，持續出現營運虧損，土地註冊處在2009年曾諮詢民政事務總署意見，建議關閉這3間中心，但民政事務總署當時回應指，關閉3間中心有違政府提倡有效大廈管理及維修的政策方針，而且業主立案法團服務應方便居民使用，關閉3間中心會為新界居民帶來很大不便和困難，民政事務總署預計公眾和立法會會有反對及顧慮，故不支持土地註冊處的建議。審計署則認為，土地註冊處需不時檢討並採取措施改善新界查冊中心的財務及營運表現，亦應關注營運查冊中心的成本效益和服務需求。
網上服務收費高於成本價
土地註冊處透過上述4間服務中心櫃位以及網上綜合註冊資訊系統，提供土地查冊和副本服務。審計署報告指出，在 2012–13至2016–17年度期間，約 9成的查冊都是經網上進行，僅餘1成透過櫃位進行。審計署指，服務成本會因提供服務的不同方式而有很大差別，但土地註冊處收取劃一的服務費用，審計署舉例指，土地註冊處一項收費10元的服務，網上服務成本只是5元，僅收費的一半，但櫃位服務成本卻是30元，為收費的3倍；另有一項查冊服務，網上服務的成本其實僅11元，而通過櫃位提供服務的成本卻高達105元，土地註冊處亦為該項服務劃一收費15元。
審計署指出，公司註冊處同樣有提供網上及辦事處查閱服務，兩者收費不同，例如在網上下載一套財務報表記錄，登記用戶只需支付21元，但到公司註冊處索取紙本副本則收費35元。審計署建議，土地註冊處亦應考慮按提供服務的方式，收取不同的費用。
提倡資訊開放的立法會資訊科技界議員莫乃光表示，現時網上及櫃位服務使用量比例已高達9比1，當比例進一步拓闊，服務成本相差亦愈大。他表示，部分國家如新加坡為推動電子服務，在較早的時間已經會取消某些櫃位服務，他認為土地註冊處亦可考慮取消其櫃位服務。
莫乃光再指出，循公開數據開放原則，宜思考資訊收費是否要按成本去計算，或按索取資訊者的性質而設不同收費，例如免費、以低於成本價、提供API接口一次性收費等模式，向學術、研究、傳媒等提供資料，避免查冊收費窒礙有公眾利益的調查研究，而具商業牟利目的的查冊則收取相對較高的費用。
民間研究組織「本土研究社」成員楊夏至表示，土地註冊資料對公眾有重要性，公眾透過資料了解城市、地區的土地運用情況，亦可利用資料作很多其他用途，但礙於土地註冊處的查冊收費，如進行地區性的大型調查的話，所費不菲，民間研究非常困難。他認為，土地註冊處本身在註冊服務部分賺錢，在查冊服務方面可以賺少些，處方宜按成本收費，如能進一步下調收費則更佳。
